Thomas lớn lên tại Houston, Texas, và tốt nghiệp trường phổ thông Consolidated, Rosenberg. Trước khi bắt đầu sự nghiệp cá nhân, khi còn ở tuổi thiếu niên ông đã hát cho một dàn đồng ca nhà thờ, sau đó ông tham gia nhóm nhạc kịch The Triumphs.[1] Trong những năm trung học, ông kết bạn với Roy Head của nhóm Roy Head and The Traits. The Traits và The Triumphs đã tổ chức một vài sự kiện Battle of the Bands vào đầu những năm 1960.

Năm 1966, B.J. Thomas và The Triumphs phát hành album đầu tay, "I’m So Lonesome I Could Cry" (qua hãng thu âm Pacemaker). Đĩa đơn đầu tiên cùng tên album là một ca khúc của Hank William đã bán được hơn 1 triệu bản và đạt chứng nhận đĩa vàng.[2] Đĩa đơn thứ 2 "Mama" leo lên vị trí thứ 22 trong các bảng xếp hạng. Cùng năm đó, B.J phát hành album cá nhân đầu tay cùng tên, thông qua công ty thu âm Scepters.

Thomas đã trở lại và đạt được một số thành công nhất định vào năm 1968, đầu tiên với ca khúc "The Eyes of a New York Woman", sau đó 5 tháng với một ca khúc còn nổi tiếng hơn "Hooked on a Feeling" tràn ngập những âm thanh của đàn sitar điện tử. Ca khúc này được phát hành trong album "On My Way" và trở thành ca khúc thứ hai của Thomas tiêu thụ được hơn 1 triệu bản. Một năm sau, với ca khúc "Raindrops Keep Fallin’ on My Head", một sáng tác của Burt Bacharach/Hal David xuất hiện trong bộ phim "Butch Cassidy and the Sundance Kid", Thomas đã giành được giải Oscar danh giá cho hạng mục Ca khúc nhạc phim xuất sắc nhất. Đồng thời, ca khúc này cũng rất thành công về mặt thương mại khi trở thành đĩa đơn thứ ba của Thomas bán được hơn 1 triệu bản và đứng thứ 1 tại bảng xếp hạng Billboard Hot 100 vào tháng 1 năm 1970. Trong thập niên 1970, Thomas còn có một số ca khúc nổi tiếng khác như "Everybody's Out of Town", "I Just Can't Help Believing" (đứng thứ 9 năm 1970, được thu âm lại bởi Elvis Presley), "No Love At All", "Mighty Clouds of Joy", và "Rock and Roll Lullaby".]

Những ca khúc nổi tiếng đầu tiên của Thomas gắn liền với hãng thu âm Scepter, nơi ông ký hợp đồng trong 6 năm. Thomas rời Scepter năm 1972 và dành một giai đoạn ngắn, từ năm 1973 đến 1974 đầu quân cho hãng thu âm Paramount. Vào thời gian này ông phát hành 2 album, "Songs" (1973) và "Longhorns & London Bridges" (1974).

Năm 1975, Thomas phát hành album Reunion dưới hãng thu âm ABC, sau khi rời Paramout. Album này bao gồm ca khúc "(Hey Won’t You Play) Another Somebody Done Somebody Wrong Song", ca khúc có tự đề dài nhất từng đứng thứ 1 tại Billboard Hot 100. Đây cũng là hit lớn đầu tiên của Thomas kể từ năm 1972, đã đem về cho ông chứng nhận đĩa vàng thứ 4.[2]

Năm 1976, Thomas tung ra album "Home Where I Belong", sản xuất bởi Chris Christian thuộc hãng thu âm Myrrh, album nhạc gospel đầu tiên của ông. "Home Where I Belong" đem lại cho Thomas chứng nhận đĩa bạch kim đầu tiên, và đưa ông trở thành nghệ sĩ nhạc Christian đương đại danh tiếng nhất lúc bấy giờ.[3]

Ký hợp đồng với MCA, Thomas và Chris Christian đã thu âm ca khúc Top 40 cuối cùng của ông, "Don’t Worry Baby", nằm trong album nhạc pop cuối cùng. Ca khúc "Still the Lovin’ Is Fun" cũng nằm trong album này.

Trong thập niên 80, sự thành công đến từ các bảng xếp hạng nhạc pop dần dần được thay thế bởi các bảng xếp hạng nhạc đồng quê, trong đó có 2 ca khúc năm 1983, "Whatever Happened to Old-Fashioned Love" và "New Looks from an Old Lover" đều đứng đầu các bảng xếp hạng, và ca khúc "Two Car Garage" đứng thứ 3. năm 1981, vào sinh nhật lần thứ 39, Thomas trở thành thành viên thứ 60 của Grand Ole Opry.[4]

Ngoài các ca khúc cá nhân, Thomas cũng thành công với các ca khúc hợp tác khác, trong đó có "As Long As We Got Each Other" song ca cùng Jenifer Warners và là nhạc nền cho "Growing Pains". Phiên bản sau đó được sử dụng cho mùa thứ tư của chương trình được thu âm bởi ca sĩ người Anh Dusty Springfield. Thomas phát hành ca khúc này lần đầu tiên trong album "Throwing Rocks at the Moon" năm 1985.

Thomas cũng là tác giả của 2 cuốn sách bao gồm cuốn tự truyện "Home Where I Belong", và tham gia diễn xuất trong bộ phim điện ảnh "Jory" và "Jake’s Corner". Một vài thương hiệu như Coca-Cola, Pepsi và Bell sử dụng giọng hát và âm nhạc của Thomas trong các quảng cáo của mình. Ngày 31 tháng 12 năm 2011, Thomas tham gia trình diễn tại sự kiện 2011 Hyundai Sun Bowl tại El Paso, Texas.

Ngày 2 tháng 4 năm 2013, Thomas phát hành "The Living Room Sessions", một album tuyển tập các ca khúc nổi tiếng của ông được ghi âm lại dưới dạng acoustic. Thomas đã tiến hành thu âm album này với sự có mặt của các khách mời, những người góp mặt tại 7 trên tổng số 12 ca khúc của album.[5]

Ngày 3 tháng 12 năm 2013, Tổ chức khoa học và nghệ thuật hàn lâm quốc gia thông báo đĩa đơn "Raindrops Keep Fallin’ on My Head" phát hành năm 1969 được ghi danh vào Đại sảnh danh vọng Grammy.